Fonden for Plantebaserede Fødevarer ledes af en bestyrelse, der udpeges af ministeren for fødevarer, landbrug og fiskeri på baggrund af indstillinger fra en række foreninger og organisationer. Bestyrelsen betjenes af et sekretariat, der er beliggende i Landbrugs- og Fiskeristyrelsen.
Plantefondens bestyrelse består af følgende 11 medlemmer
- Marie-Louise Boisen Lendal (forperson)
- Jakob Lave (indstillet af Landbrug & Fødevarer)
- Trine Krebs (indstillet af Økologisk Landsforening)
- Lasse Vinderslev (indstillet af Plantebranchen)
- Susie Kristensen (indstillet af Fødevareforbundet NNF)
- Hanne Thorsøe (indstillet af Dansk Industri)
- Rune-Christoffer Dragsdahl (indstillet af Dansk Vegetarisk Forening)
- Marin Lysák (indstillet af Klimabevægelsen)
- Vagn Jelsøe (indstillet af Forbrugerrådet Tænk)
- Rasmus Pape (indstillet af Dansk Erhverv)
- Charlotte Louise Jensen (indstillet af CONCITO)